Ese mismo año 2000, Boca le ganó la final al Real Madrid por 2-1, en la victoria más importante de la historia del club. Sin embargo, esa Copa Intercontinental no se considera oficial de FIFA, ya que el título mundial le fue otorgado a Corinthians.
El Mundial de Clubes no se volvió a jugar hasta 2005, y por eso la FIFA considera que los títulos mundiales de 2001 a 2004 quedaron vacantes. En ese período, Boca volvió a ganar otra Intercontinental, en 2003, cuando derrotó a Milán por penales tras el 1-1 de los 120 minutos. Ese título tampoco tiene el aval oficial como campeonato del mundo, en una decisión irrisoria.
De todos modos, los títulos ganados por Boca en 2000 y en 2003, en los que son las victorias más resonantes de su historia, son oficiales y cuentan como títulos internacionales. Lo que determinó la FIFA, al menos en esta última publicación oficial, es que el Xeneize no fue campeón del mundo en esas oportunidades.
El listado de campeones del mundo que publicó la FIFA
- 1960: Real Madrid (ESP)
- 1961: Peñarol (URU)
- 1962: Santos (BRA)
- 1963: Santos (BRA)
- 1964: Inter de Milán (ITA)
- 1965: Inter de Milán (ITA)
- 1966: Peñarol (URU)
- 1967: Racing Club (ARG)
- 1968: Estudiantes (ARG)
- 1969: AC Milan (ITA)
- 1970: Feyenoord (PB)
- 1971: Nacional (URU)
- 1972: Ajax (PB)
- 1973: Independiente (ARG)
- 1974: Atlético de Madrid (ESP)
- 1975: No hubo (no se disputó el partido entre Bayern Munich (ALE) e Independiente (ARG))
- 1976: Bayern Munich (ALE)
- 1977: Boca Juniors (ARG)
- 1978: No hubo (no se disputó el partido entre Boca Juniors (ARG) y Liverpool (ING)
- 1979: Olimpia (PAR)
- 1980: Nacional (URU)
- 1981: Flamengo (BRA)
- 1982: Peñarol (URU)
- 1983: Gremio (BRA)
- 1984: Independiente (ARG)
- 1985: Juventus (ITA)
- 1986: River Plate (ARG)
- 1987: Porto (POR)
- 1988: Nacional (URU)
- 1989: AC Milan (ITA)
- 1990: AC Milan (ITA)
- 1991: Estrella Roja (YUG)
- 1992: São Paulo (BRA)
- 1993: São Paulo (BRA)
- 1994: Vélez Sarsfield (ARG)
- 1995: Ajax (PB)
- 1996: Juventus (ITA)
- 1997: Borussia Dortmund (ALE)
- 1998: Real Madrid (ESP)
- 1999: Manchester United (ING)
- 2000: Corinthians (BRA)
- 2001: No hubo (no se disputó la competición)
- 2002: No hubo (no se disputó la competición)
- 2003: No hubo (no se disputó la competición)
- 2004: No hubo (no se disputó la competición)
- 2005: São Paulo (BRA)
- 2006: Internacional (BRA)
- 2007: AC Milan (ITA)
- 2008: Manchester United (ING)
- 2009: Barcelona (ESP)
- 2010: Inter de Milán (ITA)
- 2011: Barcelona (ESP)
- 2012: Corinthians (BRA)
- 2013: Bayern Munich (ALE)
- 2014: Real Madrid (ESP)
- 2015: Barcelona (ESP)
- 2016: Real Madrid (ESP)
- 2017: Real Madrid (ESP)
- 2018: Real Madrid (ESP)
- 2019: Liverpool (ING)
- 2020: Bayern Munich (ALE)
- 2021: Chelsea (ING)
- 2022: Real Madrid (ESP)
- 2023: Manchester City (ING)
La explicación de FIFA para no reconocer las Copas Intercontinentales de 2000 a 2004
"Desde su puesta en marcha en el año 2000, cuando se denominaba Campeonato Mundial de Clubes de la FIFA, la Copa Intercontinental de la FIFA fue evolucionando hasta convertirse en la máxima competición anual de clubes del planeta, cuyo ganador lucía el emblema de campeón durante un año.
La primera edición del Campeonato Mundial de Clubes de la FIFA se celebró en Brasil, y en ella participaron ocho equipos de las seis confederaciones. La competición se disputó paralelamente a la Copa Intercontinental, que había enfrentado cada año desde 1960 al campeón de la CONMEBOL y al campeón de la UEFA.
En octubre de 2017, el Consejo de la FIFA aprobó una moción por la cual se reconoció campeones del mundo de clubes a todos los equipos europeos y sudamericanos que habían ganado la Copa Intercontinental, disputada entre 1960 y 2004.
Tras un paréntesis entre 2001 y 2004, la competición regresó en 2005 como Copa Mundial de Clubes de la FIFA y siguió creciendo en alcance, dimensión y reputación, puesto que enfrentaba a los mejores equipos de cada continente.
En 2024, la competición entró en una nueva fase con la creación de la Copa Intercontinental de la FIFA™, en la que los campeones de cada una de las seis confederaciones tendrán la oportunidad de competir cada año en los escenarios mundiales".