En solo cinco semanas, se trazaron las fronteras sin una planificación adecuada, lo que provocó una migración masiva de millones de personas que se desplazaron a través de las nuevas fronteras, muchas veces enfrentándose en enfrentamientos violentos por no saber exactamente dónde estaban las líneas divisorias.
Este proceso de partición generó una serie de conflictos que han persistido a lo largo del tiempo. En 1971, por ejemplo, ocurrió una guerra brutal entre ambos países, que culminó con la independencia de Bangladesh, que antes formaba parte de Pakistán oriental. La historia de estas guerras y tensiones refleja las profundas diferencias políticas, religiosas y culturales que existen entre India y Pakistán.
Uno de los principales focos de conflicto sigue siendo la región de Cachemira. Tras la partición, en 1947, la región, gobernada por el marajá Hari Singh, no se unió a Pakistán, a diferencia de otras zonas con mayoría musulmana. Pakistán envió tropas para tomar control de Cachemira, alegando que debía formar parte de su territorio, mientras que India reaccionó enviando sus propias fuerzas militares.
Desde entonces, la región ha estado dividida entre ambos países, con una parte bajo control indio, otra bajo control paquistaní y una zona bajo dominio chino. La disputa por Cachemira ha sido una de las causas principales de varias guerras y enfrentamientos armados, las tensiones en la zona siguen siendo altas, con riesgo de que puedan escalar en un conflicto a gran escala en cualquier momento.