La principal preocupación este año es la pandemia por lo que en algún momento el Cruce estuvo en dudas aunque con la flexibilización otorgada en San Juan para la actividad turística se autorizó también ésta aventura. La condición es que se aplique el protocolo establecido este año por el Ministerio de Turismo y Deportes de la Nación, en conjunto con las Cámaras de Turismo y las provincias, a través del Consejo Federal de Turismo. Esto implica el diseño y la operación de la actividad, en la medida de lo posible, en un solo sentido de circulación, disponiendo un área específica como punto de encuentro o inicio de la actividad y otra de regreso, evitando el cruce entre personas y reduciendo la proximidad entre las mismas. También aconseja la correcta desinfección de los espacios, elementos y equipos utilizados.
Estos requerimientos en el Cruce de los Andes, siguiendo la ruta sanmartiniana, estarán garantizados ya que hacer la travesía significa un distanciamiento social obligado por la distancia entre jinetes que lo determinan los animales y que cuando la tropa esta de reunión en el campamento, el aire libre permite disminuir considerablemente el riesgo de cualquier tipo de contagio de Covid-19. En cuanto al alojamiento, las carpas individuales o de grupo reducido también permiten mantener el protocolo que está desarrollando la organización para esta edición del viaje, bajo el término burbuja. Además habrá uso exclusivo de equipamiento individual y cuando la actividad requiera del uso de elementos y equipos personales, cada visitante deberá tenerlos en una mochila o con cubierta protectora, y no podrá compartirlos.
Por último los expedicionarios deberán garantizar que no tienen Covid-19 y en caso de detectarse síntomas compatibles con coronavirus durante el viaje, en excursionistas o prestadores, deberá aplicarse el protocolo de extracción del paciente y aislamiento del grupo para evitar contactos estrechos.