Arruabarrena conoce de cerca el Mundo Boca. Como entrenador dirigió al equipo entre 2014 y 2016, etapa en la que conquistó el Campeonato de Primera División y la Copa Argentina 2015. Aquellos títulos le permitieron dejar una marca positiva desde los resultados, aunque también convivió con momentos complejos, especialmente por las eliminaciones frente a River en competencias internacionales.
Uno de los episodios más recordados ocurrió en la Copa Libertadores 2015, cuando Boca fue descalificado por Conmebol tras el escándalo del gas pimienta en los octavos de final disputados en La Bombonera. Aquel hecho marcó el tramo final de su ciclo como entrenador.
Tras dejar el club, el ex defensor desarrolló gran parte de su carrera en el exterior. Dirigió en Emiratos Árabes Unidos, Qatar, Egipto y Arabia Saudita, además de tener un paso por la Selección de Emiratos Árabes Unidos, a la que intentó clasificar al Mundial de Qatar 2022.
Mientras Boca intenta reponerse del duro golpe deportivo y se prepara para afrontar los playoffs de la Copa Sudamericana, la dirigencia analiza alternativas para reencauzar el rumbo futbolístico. En ese escenario, el nombre de Arruabarrena aparece como una posibilidad concreta, aunque por ahora todo permanece en el terreno de las especulaciones.
La decisión final dependerá de las negociaciones y de los pasos que dé el Consejo de Fútbol en los próximos días, en una búsqueda que mantiene en vilo a los hinchas xeneizes.