A partir de la segunda fase (con 32 equipos) comenzarán los duelos de eliminación directa. Cada equipo deberá superar tres series de mano a mano para conseguir uno de los cuatro ascensos al Federal A.Los equipos que terminen en el último lugar de cada grupo en la primera fase perderán la categoría y jugarán la próxima temporada en el Federal C.
Fixture del Federal B:1ra. fecha - 14/08/16 COLON vs. PEÑAROLVILLA OBRERA vs. TRINIDADPEÑAFLOR vs. SAN MARTIN (Rodeo)ALIANZA vs. DEF. BOCA 2da. fecha - 21/08/16 SAN MARTIN (Rodeo) vs. VILLA OBRERATRINIDAD vs. COLONPEÑAROL vs. DEF. BOCAPEÑAFLOR vs. ALIANZA 3ra. fecha - 28/08/16 DEF. BOCA vs. TRINIDADCOLON vs. SAN MARTIN (Rodeo)VILLA OBRERA vs. PEÑAFLORALIANZA vs. PEÑAROL 4ta. fecha - 04/09/16 PEÑAFLOR vs. COLONSAN MARTIN (Rodeo) vs. DEF. BOCATRINIDAD vs. PEÑAROLVILLA OBRERA vs. ALIANZA 5ta. fecha - 11/09/16 PEÑAROL vs. SAN MARTIN (Rodeo)DEF. BOCA vs. PEÑAFLORCOLON vs. VILLA OBRERAALIANZA vs. TRINIDAD 6ta. fecha - 18/09/16 VILLA OBRERA vs. DEF. BOCAPEÑAFLOR vs. PEÑAROLSAN MARTIN (Rodeo) vs. TRINIDADCOLON vs. ALIANZA 7ta. fecha - 25/09/16 TRINIDAD vs. PEÑAFLORPEÑAROL vs. VILLA OBRERA
DEF. BOCA vs. COLONALIANZA vs. SAN MARTIN (Rodeo) 8va. fecha - 02/10/16 PEÑAROL vs. COLONTRINIDAD vs. VILLA OBRERASAN MARTIN (Rodeo) vs. PEÑAFLORDEF. BOCA vs. ALIANZA 9na. fecha - 09/10/16 VILLA OBRERA vs. SAN MARTIN (Rodeo)COLON vs. TRINIDADDEF. BOCA vs. PEÑAROLALIANZA vs. PEÑAFLOR 10ma. fecha - 16/10/16 TRINIDAD vs. DEF. BOCASAN MARTIN (Rodeo) vs. COLONPEÑAFLOR vs. VILLA OBRERAPEÑAROL vs. ALIANZA 11ra. fecha - 23/10/16 COLON vs. PEÑAFLORDEF. BOCA vs. SAN MARTIN (Rodeo)PEÑAROL vs. TRINIDADALIANZA vs. INDEPENDIENTE 12da. fecha - 30/10/16 SAN MARTIN (Rodeo) vs. PEÑAROLPEÑAFLOR vs. DEF. BOCAVILLA OBRERA vs. COLONTRINIDAD vs. ALIANZA 13ra. fecha - 06/11/16 DEF. BOCA vs. VILLA OBRERAPEÑAROL vs. PEÑAFLORTRINIDAD vs. SAN MARTIN (Rodeo)ALIANZA vs. COLON 14ta. fecha - Sábado 12/11/16 PEÑAFLOR vs. TRINIDADVILLA OBRERA vs. PEÑAROLCOLON vs. DEF. BOCASAN MARTIN (Rodeo) vs. ALIANZA
