Los equipos argentinos que se clasificaron a la próxima edición de la Copa Sudamericana son Independiente, Racing Club, Arsenal, Defensa y Justicia, Huracán y Gimnasia y Esgrima La Plata.
Angelici, presidente boquense, afirmó que los criterios de clasificación que se utilizaron en un principio luego se modificaron con el torneo Transición consumado, cuando los equipos participantes "no tenían ni el derecho ni la expectativa" de garantizar un lugar en las Copa Sudamericana, según el boletín de AFA del 29 de diciembre de 2015 y en el Reglamento del campeonato argentino 2016/17.
La primera audiencia de conciliación será a principios de enero, en Buenos Aires, pero son muy pocas las chances de que Boca pueda conseguir un fallo a favor, ya que el sorteo de la Sudamericana se realizará el lunes 30 de enero de 2017 en Uruguay y el torneo comenzará el 28 de febrero.